Mit der Geschichte der deutschen Kapitulation am 8. Mai ist der Kieler Flandernbunker in besonderer Weise verbunden, steht er doch schon mit seiner namentlichen Bezeichnung für einen Aspekt der „Urkatastrophe“, die in diesem von Zwangsarbeitern gebauten Militärbunker als Ort der aktiven Mitorganisation des Zweiten Weltkriegs ihren unheilvollen Ausdruck gefunden hatte. Hier saß das Marineoberkommando Ost, zuständig für die Ausbildung von Zehntausenden Soldaten, zuständig für die Erprobungen der in Kiel gebauten oder instand gesetzten U-Boote und andere Kriegsschiffe im Ostseebereich.

Der Bunker, gebaut 1943 und spätestens seit April 1944 in Betrieb, war zunächst Notkommandantur und vom 1. Juni 1944 bis zum 7. Mai 1945 Hauptsitz des Kommandos unter Generaladmiral Oskar Kummetz. Drei Tage nach Eintreffen der ersten britischen Heereseinheiten in Kiel hatte Kummetz im Flandernbunker das Kommando am 7. Mai abzugeben an den britischen Vice-Admiral Harold Tom Baillie-Grohman.

Jener ließ am 8. Mai seinen Admiral-Stander und die britische Kriegsflagge auf das Dach des Flandernbunkers setzen – eher symbolisch, denn er nutzte diesen Kommandoort nur kurz und wechselte vollends am 13. Mai auf die bequemere „Milwaukee“, ein deutsches Transatlantik-Passagierschiff der Hamburg-Amerika Linie, das während des Krieges Offizieren und oberen Mannschaftsgraden als Wohnschiff- und Hospitalschiff gedient hatte. Es lag am äußeren Kai des „Reichskriegshafens“, wo sich heute der Liegeplatz der „Gorch Fock“ befindet.

Damals gehörte der Flandernbunker räumlich noch zum Kriegshafengelände und diente auch den Milwaukee-Offizieren als Bombenschutz. Auf halber Strecke vom Schiff zum Bunker war der ehemalige Standort des 1927 eingeweihten „Flanderndenkmals“, das aber vermutlich schon vor dem Bunkerbau durch gezielten Abbau oder durch einen Bombentreffer zerstört worden war und seitdem als verschollen gilt.